Second Brain OS：Claude Code で作る、自分で整理されるナレッジベース

こんな人に向いています

• Claude Code を使って、自分で整理され続けるナレッジベースを構築したい人に向いています。日頃から記事やメモを収集していて、それらが自動で抽出され、双方向リンクで結ばれ、整理された状態を保ってほしい——「誰も見返さないファイルの山」にはしたくない、という人です。
• 完全なガイド、初期 vault、agent skills、スクリプトが提供され、markdown ファイル・wikilink・SKILL.md を中心に動作します。ファイルを読める任意のエージェントにも使えます。Obsidian はグラフビューアであって依存関係ではありません。
• 向いていないケース：インストールしたらすぐ使える GUI ノートソフトを求めていて、ターミナルでリポジトリを clone したりディレクトリをコピーしたりエージェントを実行したりする気がないなら、このフローは不向きです。公式の証拠では、特定のエージェント以外のどのクライアントに対応するか、どのテキスト言語をサポートするか、無料・アカウント不要以外に制約があるかは不明です——無料で登録不要ですが、その他の境界は未知です。

3分で最初の試用を完了する

公式のメインパスは、ターミナルでローカルの ~/brain にインストールし、そのディレクトリで Claude Code を起動するものです：

1. 前提：git と Claude Code（エージェント）がインストール済みであること。グラフを見るために Obsidian も入れておくとよいです。
2. ターミナルで公式のインストールコマンドを実行し、初期 vault と skills、commands、agents をまとめて ~/brain/.claude にコピーします：

git clone https://github.com/undefined-ui/second-brain-os.git
cp -r second-brain-os/vault-template ~/brain

mkdir -p ~/brain/.claude
cp -r second-brain-os/skills   ~/brain/.claude/skills
cp -r second-brain-os/commands ~/brain/.claude/commands
cp -r second-brain-os/agents   ~/brain/.claude/agents

cd ~/brain && claude

1. 副作用と確認ポイント：上記のコマンドはユーザーディレクトリに ~/brain を作成してファイルを書き込みます。対象が既に存在する場合は、上書きしてよいか自分で確認してください。
2. 低リスクの初回タスクをトリガーする：記事を1本、raw/ ディレクトリ配下のファイルとして保存（または切り取り）し、Claude Code で /ingest と入力します。これが公式の中核ワークフローで、エージェントが raw 素材を取り込み、抽出し、リンクを張り、整理して、相互リンクされた wiki に仕上げます。vault 内の markdown ファイルの読み書きを行います。コマンド実行やネットワークアクセスを行うかどうかは公式の証拠にはなく、未知として扱ってください。記事に機微な内容が含まれる場合は、raw/ に入れる前にマスキングしてください。
3. 成功のサイン：raw/ の記事が、vault 内の wikilink 付きノートページに整理されます。公式ルールは "Nothing is ingested until it is linked"——同一ラウンド内でリンクが完成しなければ、取り込みは未完了とみなされます。したがって、新しいページに他のノートへのリンクが実際に現れているかを確認することが、そのラウンドの /ingest が終わったかどうかの判断基準です。/ingest の内部にどのチェック pass が含まれるか、テキストの種類によって異なるフローがあるかは公式の証拠になく、推測してはいけません。

ユースケース

ケース1：記事コレクションの取り込み。ブラウザで記事をクリップするのに、見返したことはない、という状況。シナリオ：記事を ~/brain/raw/ にクリップ保存し、Claude Code で /ingest を実行します。公式の ingest ワークフローに沿って、要点の抽出、既存ノートへのリンク、クリーンアップが行われます。期待できる結果：raw ファイルがリンク付き wiki ページに変換されること。新しいページにリンクが不足していると気づいたら、公式ルール上そのラウンドの取り込みは未完了なので、エージェントにリンクの補完を求められます。

ケース2：Obsidian でナレッジグラフを見る。シナリオ：数回 ingest した後、ノート間のつながりを確認したい。方法：~/brain の vault を Obsidian で開き（Obsidian は公式に説明されているグラフビューアです）、ノートと wikilink が作るグラフを閲覧します。確認できる部分：vault は純粋な markdown と wikilink なので、Obsidian はそのまま開いてグラフを表示できます。より深い自動連携や同期の挙動は公式には説明されておらず、ビューア以上の統合は期待しないでください。

使用上の境界

• ファイルアクセス：インストールと実行により、ローカルの markdown ファイル（~/brain、raw/、.claude ディレクトリ）が作成・変更されます。これはオプションの副作用ではなく、フローの中核です。
• コマンドとネットワーク：公式の証拠が示すのは上記の shell インストールコマンドのみです。ingest 中にエージェントが他のコマンドを実行したりネットワークへアクセスしたりするかは証拠になく、未知です。
• 確認ポイント：機微な素材を raw/ に入れる前に自分で吟味する。既存の ~/brain を上書きする前に自分で確認する。
• 実行環境：ローカルターミナル、git、ファイルを読めるエージェント（公式のメインパスでは Claude Code）が必要です。グラフビューを見るには Obsidian が必要ですが、依存関係ではありません。それ以外の実行制限は公式には列挙されていません。
• 未確認の重要情報：対応エージェントが Claude Code のみか（公式は "works with Claude Code and any agent that reads files" としか述べていない）、対応するテキスト言語、/ingest 以外にどのコマンドが使えるか、いずれも証拠がありません。使用前に skills、commands ディレクトリの実際のファイルを自分で確認できます。